El mètode d'avaluació de la cobertura d'anticossos HCP adopta generalment una combinació d'electroforesi bidimensional (2-DE) i tecnologia d'immunoblot de proteïnes (Western Blot), és a dir, 2D-Western Blot. Actualment, l'electroforesi en gel de diferència de fluorescència bidimensional (2D-DIGE) en 2D-Western Blot s'utilitza habitualment per detectar i analitzar la cobertura d'anticossos HCP en un gel d'electroforesi bidimensional mitjançant diferents etiquetes fluorescents i mètodes de desenvolupament de color fluorescent. Això ha millorat fins a cert punt la precisió de l'avaluació, estalviant temps i costos de reactius. Tanmateix, la tecnologia basada en l'electroforesi es basa en resultats d'electroforesi d'alta qualitat, requereix taques de proteïnes tacades clares i té un gran impacte en el judici humà durant l'anàlisi de resultats, cosa que pot conduir fàcilment a resultats poc fiables.
Molts protocols en aquesta etapa utilitzen mètodes 2D-Western Blot (com ara 2D-DIGE) per a la detecció de cobertura i comparen la detecció d'anticossos HCP amb la tinció de proteïnes totals al gel. Aquest tipus d'anàlisi de cobertura us permet estimar el percentatge de cobertura i us pot guiar per utilitzar anàlisis ELISA o ortogonals més específiques (com ara l'espectrometria de masses). La substitució del mètode 2-DE per un mètode d'espectrometria de masses d'alta resolució pot identificar amb precisió els tipus i l'abundància relativa de proteïnes contingudes a la mostra d'HCP. Combinat amb els tipus de proteïnes que es poden reconèixer pels anticossos policlonals HCP, els càlculs de concordança poden obtenir una cobertura més realista. L'espectrometria de masses pot identificar encara més qualitativament i quantitativament les proteïnes HCP reconegudes pels anticossos policlonals HCP.